هيئة مستقلة مكوّنة من رئيس الجامعة، ووكلائه، وعمداء الكليات، ورؤساء الأقسام العلمية، وعميدي شؤون الطلاب والقبول والتسجيل، ويرأس اجتماعاته مدير الجامعة.
أعضاء المجلس العلمي:
١. د. امباي كاه – رئيسا
٢. د. عبد القادر سيلا – عضوا
٣. شيخ بامبو سيلا – عضوا
٤. وكيل الشؤون التعليمية والبحث العلمي- عضوا
٥. عميد كلية الشريعة – عضوا
٦. عميد كلية التربية- عضوا